Maputo có một số bệnh viện và cơ sở khám chữa bệnh, trong đó có bệnh viện lớn nhất Mozambique, Bệnh viện Trung ương Maputo. Các bệnh viện khác bao gồm Bệnh viện Geral José Macamo và Bệnh viện Clinica Sommerschield, hay bệnh viện Clínica Cruz Azul ở baixa và Bệnh viện Privado ở gần Trường Bồ Đào Nha.

Quá trình xây dựng Bệnh viện Miguel Bombarda bắt đầu vào năm 1900. Năm 1976, Samora Machel đổi tên bệnh viện thành Bệnh viện Trung ương Maputo (HCM). Bệnh viện có 1500 giường cho bệnh nhân nội trú và có số lượng nhân viên ước tính là 3000. Bệnh viện được xây dựng dựa trên cấu trúc đa khối với 35 tòa nhà riêng biệt có diện tích 163.800 m2. Bệnh viện có sáu khoa: y khoa, ngoại khoa, nhi khoa, phẫu thuật chỉnh hình, phụ khoa và sản khoa. Ngoài ra bệnh viện cũng có nhãn khoa và khoa tai mũi họng và một nhà xác. Bệnh viện cung cấp cung cấp dịch vụ cho trung bình 700 bệnh nhân ngoại trú mỗi ngày và trên 1.000 kg (2.205 lb) đồ được giặt hàng ngày. Vào đầu thập niên 1990, một phần của bệnh viện được phân tách và trở thành một phòng khám tư nhân cung cấp các dịch vụ chất lượng cao hơn gọi là Clínica Especial de Maputo dành cho những người có thể chi trả.[21]